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 中国科学院北京基因组研究所成立于2003年11月。2007年10月，基因组所迁至临时所址，2013年1月，迁至中国科学院奥运村科技园区内的永久所址。现任所长为薛勇彪研究员。基因组所成立以来，承担了“973”、“863”、国家自然科学基金重大项目和中科院知识创新工程等多项重大科研任务，取得了令人瞩目的成就，参与完成了国际人类基因组计划、单体型图计划；独立完成了中国超级杂交水稻基因组计划，牵头国家自然科学基金委“微进化过程中的多基因作用机制”重大研究计划和中科院中国人群精准医学研究计划等一系列重大科学项目。在肿瘤微进化、表观遗传学、精准基因组学等领域取得了突破性进展。