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本实验室前身为“中国科学院南京土壤研究所土壤圈物质循环开放研究实验室”，于1987年经中国科学院批准建立，2001年由中国科学院更名为“中国科学院南京土壤研究所土壤圈物质循环重点实验室”。2003年，经国家科技部批准，在原实验室的基础上，筹建“土壤与农业可持续发展国家重点实验室”；2005年通过科技部组织的实验室验收，正式成立土壤与农业可持续发展国家重点实验室。
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