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 江门市疾病预防控制中心的前身是创建于1953年的江门市卫生防疫站，从原来的一个技术力量薄弱、设备简陋的小站，在实践中不断探索，逐步发展壮大。1997年通过评审，被卫生部命名为“地市级一等卫生防疫站”。 乘着卫生体制改革的春风，2002年1月8日，江门市疾病预防控制中心以原市卫生防疫站为主体，并入两区防疫站后重新组建，与江门市卫生检验中心一个机构两块牌子，是江门五邑地区的疾病预防控制、卫生监测检验、科研培训的技术指导中心。内设传染病预防控制科、计划免疫科、艾滋病预防控制科、性病麻风病预防控制科、寄生虫病预防控制科、慢性非传染性疾病预防控制科、病媒生物预防控制科、健康教育科（市健康教育中心）、消毒与医院感染控制科、环境与学校卫生科、食品安全和地方病预防控制科、公共卫生应急科、病原微生物检验科、理化检验科、热带病预防控制科、办公室、财务科、后勤保障科、科教与质量管理科、信息与网络管理科等20个科室。