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 按照重庆市人民政府办公厅《关于印发重庆市环境保护局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（渝办发[2009]166号）文件规定，重庆市环境保护局为市政府组成部门，其主要职责是：贯彻执行环境保护法律、法规、规章、标准和方针政策；起草环境保护地方性法规、规章和标准，根据职责和授权拟订有关法规的实施细则和规范性文件。牵头开展环境保护政策研究；拟订并组织实施环境保护规划；组织拟订并监督实施重点区域、重点流域污染防治规划和环境保护专项规划；组织拟订环境功能区划和生态功能区划；参与拟订重庆市主体功能区划。牵头协调重大环境污染事故和生态破坏事件调查处理；建立健全突发环境事件的应急预警机制，协调解决跨流域、跨地区的环境污染纠纷；负责环境保护行政稽查；组织开展环境保护执法检查。