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 福建省疾病预防控制中心前身是成立于1953年的原福建省卫生防疫站，2003年7月由原福建省卫生防疫站、原福建省结核病防治所、原福建省健康教育所和原福建省皮肤病防治院性病、麻风病防治部门合并组建，同时加挂“福建省健康教育促进中心”、“福建省卫生检验检测中心”和“国家食品安全风险监测福建中心”三面牌子，是福建省卫生计生委直属副厅级公益一类事业单位。总部位于福州市鼓楼区津泰路，健康教育所位于鼓楼区华林路，医学实验动物科位于晋安区鼓山镇，第二门诊部位于仓山区徐大道，总占地面积约48亩，建筑面积约3.2万平方米。